O CCT se reunirá, em caráter ordinário, duas vezes ao ano convocado pelo seu Presidente e, em caráter extraordinário, sempre que convocado pelo seu Presidente ou pelo seu Vice-Presidente. O quórum de reunião do CCT é de maioria absoluta e o quórum de aprovação é de maioria simples dos seus membros. Já o voto ordinário será do Presidente ou, em sua ausência, do Vice-Presidente, que terá o voto de qualidade em caso de empate.

As deliberações do Conselho são expedidas na forma de resoluções, publicadas no Diário Oficial da União e o aviso de convocação das reuniões constará na Ordem do Dia e será acompanhado dos expedientes e propostas de resoluções que instruam as matérias a serem apreciadas. Os assuntos, discussões e orientações estarão nas atas de reuniões e nelas deverão constar a relação dos membros presentes, as ausências justificadas, os pontos relevantes das discussões, as providências solicitadas e eventuais pontos de divergências entre os membros.

A constituição das comissões temáticas que serão instituídas pelo Conselho estão previstas no Regimento Interno (Resolução CCT nº 856, de 13.05.2024) e no § 6º do art. 2º da Lei nº 9.257, de 1996.